[장점]
금융인증서의 제일 큰 특징은 인증서가 개인 기기가 아닌 금융결제원의 클라우드에 저장되어 보안이 뛰어난 점입니다. 따라서 인증서를 따로 복사할 필요 없습니다. 인증방법은 비밀번호 6자리 혹은 지문, 패턴, 안면인식 등으로 설정가능합니다.
별도의 프로그램을 설치하지 않아도 되며 유효기간도 3년이라 매년 갱신해야 되는 불편함도 적고 자동갱신도 가능하며 금융인증서는 무료입니다.

[단점]
공동인증서에 비해 사용처가 적습니다. 은행권은 사용가능하나 증권사에서는 사용불가하고 카드사의 경우에는 일부만 사용이 가능합니다. 그리고 타행등록절차 또한 복잡합니다.
치명적인 단점으로 인증정보가 쿠키형태로 저장되어 인터넷 브라우저의 쿠키를 삭제할 경우 다시 발급받아야 합니다. 많은 분들이 PC를 쾌적하게 사용하거나 개인정보 때문에 브라우저 종료 시 쿠키를 삭제하는데 이 경우 금융인증서는 사용이 불가능합니다.